PiTaPa・ICOCAの障害・再発行の際のカードは自動で移行登録されますか？

自動で移行されません。

PiTaPa・ICOCAが変更された場合は、e METROアプリまたはOsaka Metro各駅にある青色券売機からお客さま自身で「切替」を行っていただく必要があります。